La Subdirección Académica es un organismo dependiente de la Dirección de la Seccional, encargada de las funciones de orientación, planeación, organización y supervisión de las actividades docentes, investigativas y de extensión de la Universidad Francisco de Paula Santander, Seccional Ocaña, en concordancia con las políticas y normas generales de la Universidad.
El Subdirector Académico depende del Director de la Seccional y es después de este, la principal autoridad ejecutiva de la Seccional, según el orden de prelación que se contempla en la estructura orgánica de la UFPS.