La Secretaría General es una dependencia adscrita a la Dirección de la Universidad Francisco de Paula Santander Seccional Ocaña, con funciones de elaboración, refrendación y notificación de los actos administrativos y académicos de la Dirección de la universidad y de los diferentes organismos colegiados de dirección y gobierno de la Seccional. Tiene a su cargo la conservación y custodia de la memoria histórica de la Institución y de la coordinación del sistema de PQRSDF.